In Weng's Benchmark 4 (Huang et al. 2010), the 85 cases which have available evolutionary information (Andreani et al., 2013) were used for benchmarking InterEvDock server. Here, the unbound target and ligand structures have ChainID 'A' and 'B', respectively. The reference PDB file is the complex structure with ChainID 'A' for the receptor and 'B' for the ligand.

You can download the entire set here: BM4_85cases.zip

Target Unbound Receptor Unbound Ligand MSA for receptor MSA for ligand reference complex
1A2K receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1AKJ receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1ATN receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1AY7 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1AZS receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1B6C receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1BKD receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1BUH receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1CGI receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1DE4 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1E6E receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1E96 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1EAW receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1EER receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1F6M receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1FAK receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1FFW receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1FQ1 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1FQJ receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1GCQ receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1GLA receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1GP2 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1GPW receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1GRN receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1GXD receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1H1V receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1H9D receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1HE8 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1I2M receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1I4D receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1IB1 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1IBR receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1IRA receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1J2J receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1JIW receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1JK9 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1JMO receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1JWH receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1JZD receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1K5D receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1KKL receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1LFD receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1M10 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1MQ8 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1NW9 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1OC0 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1OPH receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1PVH receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1R6Q receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1R8S receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1RLB receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1S1Q receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1SYX receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1US7 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1WDW receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1WQ1 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1XD3 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1XQS receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1Y64 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1YVB receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1Z0K receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1Z5Y receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
1ZHH receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2A5T receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2AYO receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2BTF receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2C0L receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2CFH receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2FJU receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2G77 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2HLE receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2HQS receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2HRK receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2I9B receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2J0T receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2J7P receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2NZ8 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2O3B receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2O8V receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2OOR receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2OT3 receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2OZA receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2PCC receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
2Z0E receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb
3CPH receptor.pdb ligand.pdb receptor_coMSA.fasta ligand_coMSA.fasta ref_chainAB.pdb