Contexte

RPBS résulte de l'effort conjoint de plusieurs équipes de Bioinformatique Structurale de Paris pour promouvoir une ressource autour des thématiques de la Bioinformatique Structurale. La plate-forme est reconnue par le GIS IBiSA et est membre de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB).

Expertises

• Modélisation comparative de la structure des protéines.
• Recherche de similitudes structurales.
• Modélisation de la structure de complexes protéiques.
• Modélisation de novo de la structure des peptides.
• Criblage in silico (structure-based).
• Impact structural de mutations ponctuelles.

Missions

• Développement de méthodes de la Bioinformatique Structurale.
• Déploiement de services sur la ressource de calcul de la plate-forme.
• Formation et conseil aux biologistes.
• Cloud computing (Platform As A Service) : hébergement de matériel propriétaire. Nouveau

Equipe de direction

L'équipe de direction est l'instance dirigeante opérationnelle de la plateforme. Elle s'appuie sur l'expertise des membres de l'équipe CMPLI pour mettre en oeuvre la stratégie de gestion établie sur les conseils du comité de pilotage :

• le Responsable Scientifique, en collaboration avec le responsable technique et le conseil scientifique interne, assure la liaison entre la communauté scientifique et les ressources techniques de la plateforme, veillant à ce que les outils et services offerts répondent aux besoins de recherche actuels.
• Nicolas Chevrollier (IR Inserm)
• le Responsable Technique élabore et pilote la mise en œuvre de l'architecture matérielle et logicielle de la plateforme tout en participant au développement des outils offerts. Il assure le déploiement de nouveaux services et veille à leur bon fonctionnement.
• Julien Rey (IR Université Paris Cité)
• le Conseil Scientifique Interne apporte un soutien dans la coordination de l'offre de services de la plateforme en relation avec les infrastructures nationales (IFB, ChemBioFrance) et européennes (ELIXIR). Cette collaboration assure que les services proposés répondent aux besoins de la communauté scientifique en restant alignés avec les standards et les avancées nationales en bioinformatique structurale et en chémoinformatique.
• Pierre Tufféry (DR Inserm)
• Gautier Moroy (PR Université Paris Cité)
• Samuel Murail (MCF Université Paris Cité)
• Dirk Stratmann (MCF Sorbonne Université )

Comité de pilotage

Le comité de pilotage est une instance consultative dont le rôle est d'apporter un soutien à l'équipe de direction sur les orientations scientifiques, stratégiques et opérationnelles de la plateforme. Ses membres possédent une expertise en bioinformatique structurale et une connaissance approfondie de l'écosystème des plateformes de bioinformatique :

• Jessica Andreani (I2BC, UMR 9198 CNRS, CEA, Université Paris Saclay)
• Marc Baaden (IBPC - UPR 9080 CNRS, Université Paris Cité)
• Maud Jusot (Iktos, Paris)
• Frédéric de Lamotte (Département BAP - INRAE, Montpellier)
• Matthieu Montes (GBCM - CNAM, Paris)

Mobyle@RPBS est le portail Web permettant l'intégration de la plupart des services de bioinformatique développés par RPBS.

Statistiques d'utilisation des services

RPBS prend en charge différents niveaux d'intégration de services :

• Machine virtuelle isolée.
• Machine virtuelle avec accès à la ressource de calcul de la plate-forme.
• Service intégré dans le portail Web de la plate-forme (Mobyle ou équivalent).
• Services complexes.

Machine virtuelle isolée

Les utilisateurs peuvent demander une machine virtuelle dédiée pour déployer des services de bioinformatique structurale. La machine virtuelle est isolée et l'accès à la ressource de calcul de la plate-forme n'est pas fourni. Les adresses pour accéder aux services déployés sur la machine virtuelle sont de la forme xxx.rpbs.univ-paris-diderot.fr. Les utilisateurs sont responsables de l'administration des services déployés dans la machine virtuelle. L'équipe RPBS peut vérifier les problèmes de sécurité.

Machine virtuelle avec accès à la ressource de calcul

Les utilisateurs peuvent demander en plus un accès à la ressource de calcul de la plate-forme :

• Les utilisateurs doivent contacter l'équipe RPBS pendant le développement du service afin d'optimiser l'intéraction avec la ressource de calcul.
• Selon le temps consacré à l'implémentation du service, l'ingénieur RPBS en charge du déploiement est associé à la publication du service.
• Pour les services requiérant plus de 50 CPUs, une politique de fair sharing est mise en place.
• Une personne (permanente) en charge du suivi et du support utilisateur est désignée.

Services intégrés dans le portail Web

Le service doit pouvoir être invoqué à l'aide d'une seule ligne de commande et ne requiert pas d'intéraction avec l'utilisateur.

• Les utilisateurs doivent contacter l'équipe RPBS lors du développement du service afin d'optimiser l'intéraction avec la ressource de calcul et de faciliter le déploiement.
• Le code source du service doit être fourni afin d'assurer la pérénnité du service. Si ce dernier n'est pas disponible, une image Docker est acceptable.
• Selon le temps consacré à l'implémentation du service, l'ingénieur RPBS en charge du déploiement est associé à la publication du service.
• Une personne (permanente) en charge du suivi et du support utilisateur est désignée.

Services complexes

Pour les services non exécutables à partir d'une ligne de commande, ou requiérant une intéraction plus poussée avec l'utilisateur (bases de données ou autre), l'utilisateur doit contacter l'équipe RPBS. Une analyse de la complexité du service est menée et le déploiement du service est soumis à l'équipe RPBS.