Contexte général

Le candidat rejoindra l’équipe de recherche Peptides thérapeutiques, modulation des interactions protéine-protéine (TPM2PI), rattachée à l’Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative (BFA – CNRS UMR 8251 / Inserm ERL 1133), intégrée à l’Université Paris Cité. L’équipe est spécialisée dans la modélisation structurale des systèmes biologiques.

Ce recrutement s’inscrit dans le cadre d’un projet financé par la société INFINITUS, une société chinoise spécialisée dans l’utilisation de produits naturels pour la santé et le bien-être (https://www.infinitus-int.com/). L’objectif du projet est d’identifier de nouveaux peptides candidats d’origine fongique capables de stimuler la signalisation neuroendocrine des kératinocytes et de favoriser la libération de médiateurs associés au bien-être.

Au sein de l’équipe, le travail portera sur l’identification des cibles membranaires des kératinocytes impliquées dans la sécrétion de médiateurs neuroendocriniens, la caractérisation des ligands endogènes associés à ces cibles, puis l’exploration bioinformatique de génomes et protéomes fongiques afin d’identifier des analogues de peptides. Une partie de ces peptides candidats fera l’objet de tests expérimentaux dans des modèles de kératinocytes.

Missions

• Identifier les protéines membranaires exprimées dans les kératinocytes susceptibles de réguler les voies de signalisation intracellulaires impliquées dans la sécrétion neuroendocrine.
• Prioriser les cibles selon leur niveau d’expression dans les kératinocytes, leur implication dans les voies de signalisation neuroendocriniennes ou sensorielles, leur capacité à déclencher la signalisation calcique intracellulaire ou les mécanismes de sécrétion, et leur pertinence pour la physiologie et le bien-être de la peau.
• Identifier les ligands endogènes associés à une liste restreinte de cibles membranaires prioritaires des kératinocytes.
• Rechercher, dans les génomes ou protéomes fongiques, des séquences peptidiques susceptibles d’agir comme analogues structuraux ou fonctionnels des ligands endogènes.

Activités

• Développer et mettre en œuvre un pipeline de fouille de données biologiques et bibliographiques pour l’identification de cibles membranaires candidates exprimées dans les kératinocytes.
• Interroger, croiser et synthétiser les informations issues de bases publiques, de jeux de données omiques et de la littérature scientifique afin de prioriser les cibles candidates.
• Identifier et documenter les ligands endogènes associés aux cibles prioritaires, en compilant leurs séquences, annotations fonctionnelles, motifs conservés et informations disponibles sur leurs interactions avec les récepteurs.
• Analyser des génomes et protéomes fongiques afin de rechercher des peptides ou précurseurs peptidiques présentant des similarités de séquence, de motifs, de propriétés ou de fonction avec les ligands endogènes de référence.
• Contribuer à l’annotation fonctionnelle et à la priorisation des peptides candidats, éventuellement avec l’appui raisonné d’outils d’intelligence artificielle dans un processus contrôlé et validé biologiquement.
• Analyser, interpréter et présenter les résultats en interaction avec les autres partenaires du projet.
• Assurer la documentation, la traçabilité et la reproductibilité des analyses : scripts, paramètres, versions des outils, bases de données utilisées et rapports intermédiaires.

Compétences et connaissances attendues

• Bioinformatique des séquences : analyse de génomes/protéomes, homologie de séquences, alignements, recherche de motifs/profils, annotation fonctionnelle
• Fouille de données biologiques et de littérature scientifique : interrogation de bases publiques, extraction, croisement et priorisation d’informations
• Manipulation de bases de données biologiques : UniProt, NCBI/RefSeq, Ensembl/Ensembl Fungi, Gene Ontology, Reactome, etc.
• Développement de méthodes et outils bioinformatiques
• Environnement UNIX/Linux
• Programmation Python et Bash
• Git, Conda, Docker/Apptainer
• HPC et ordonnancement, notamment Slurm

• Approches pour la fouille de données
• Notions de biologie des récepteurs membranaires, GPCR, canaux ioniques, signalisation calcique ou neuropeptidique
• Analyse de données omiques publiques : transcriptomique/protéomique, expression tissulaire ou cellulaire, jeux de données bulk ou single-cell prétraités
• Réseaux d’interactions cellulaires et voies de signalisation
• Expérience avec les génomes/protéomes fongiques ou l’annotation de protéines sécrétées
• Intérêt pour l’utilisation raisonnée d’outils d’intelligence artificielle pour l’aide à l’annotation fonctionnelle, la fouille de données et la priorisation de candidats
• Notions de modélisation structurale ou d’approches AlphaFold/ColabFold

• Capacité à interagir avec l’équipe et les partenaires du projet
• Curiosité, autonomie et rigueur
• Capacité à valoriser le travail réalisé : rapports, publications, présentations
• Maîtrise de l’anglais scientifique

Profil souhaité

• Licence ou master en sciences de la vie, bioinformatique ou disciplines connexes
• Expérience en bioinformatique des séquences et en fouille de données biologiques, incluant l’interrogation de bases publiques, l’analyse d’annotations fonctionnelles, la manipulation de données omiques et le développement de scripts reproductibles en Python

Localisation

Modalités du recrutement

• Date de début de contrat souhaitée : septembre 2026
• Durée du contrat : 12 mois, non renouvelable
• Type de contrat : CDD
• Rémunération : selon grille de la fonction publique, profil et expérience (catégorie A – ingénieur d’études avec licence/master et, si possible, au moins 1 an d’expérience)
• Offre publiée le 25 juin 2026, affichage jusqu’au 30 septembre 2026