Events

June 5-6th, 2019

JUPYTER

Programme

Jour 1

  • 9:30-12:00 Introduction à Jupyter:
    • Pourquoi Jupyter? Les avantages et les inconvénients de l'informatique interactive.
    • Comment Jupyter fonctionne avec n'importe quel langage de programmation, pas seulement Python.
    • Explication du fonctionnement de l'interface du navigateur et de l'exécution des cahiers Jupyter.
    • Exemples de cahiers Jupyter (Python, R, C ++, Fortran) et intégration à la ligne de commande.
    • Expérience pratique de l'exécution de commandes et de cellules de cahiers simples.

  • 12:00-13:00 Déjeuner

  • 13:00-17:30 Intégration de Jupyter dans vos recherches quotidiennes (session pratique):
    • Intégration pratique de Jupyter aux outils de calcul existants. Les participants sont invités à apporter leurs propres scripts, programmes et données.
    • Génération rapide de graphiques simples.
    • Intégration de plusieurs langages de programmation et démarquage dans le même cahier.

Jour 2

  • 9:00-11:30 Jupyter et analyse de données interactive (session pratique):
    • Analyse interactive de données à l'aide de bibliothèques scientifiques Python (Numpy, Scipy).
    • Bibliothèques pour visualiser et tracer (matplotlib, vega-lite, nglview, ggplot).
    • Des widgets interactifs pour contrôler l'analyse et la visualisation en temps réel.
  • 11:30-12:30 Jupyter pour la publication et l'enseignement:
    • Explication des principes FAIR.
    • Utiliser des cahiers comme publications scientifiques.
    • Lancer Jupyter de n’importe où, en utilisant simplement un navigateur.
    • Exemples de cahiers Jupyter dans des publications de recherche existantes.
    • Démonstration de l'utilisation de Jupyter dans l'enseignement.

  • 12:30-13:30 Déjeuner

  • 13:30-17:00 Science reproductible et collaborative (session pratique):
    • Utilisation de Jupyter avec des référentiels de données.
    • Utiliser Jupyter avec Github.
    • Utiliser Jupyter avec Docker (repo2docker, binder).
    • Introduction à Jupyterlab.

October 16-19th, 2018

Protein-peptide interactions: peptide identification, binding prediction and design


Location

CECAM-FR-MOSER University Paris-Diderot Amphi Turing Bâtiment Sophie Germain 8 place Aurélie Nemours - 75013 Paris

Organizers

  • Pierre Tuffery, UMRS 973, Univ. Paris Diderot, France
  • Martin Zacharias, Technical University of Munich, Germany
  • Angelita Rebollo, CIMI - Univ. Pierre et Marie Curie, France

October 24-25th, 2017

Advanced statistical approaches in Structural Bioinformatics


PIA "bioinformatique", ANR "Bayesian Inference Paradigm - Biology in Processors".

Conference schedule

Tuesday, October 24th

  • 13:30-13:45 Welcome address (M. Nilges, P. Tufféry)
  • 13:45-14:15 Modeling Enzyme-Substrate complexes for Glycosidases (P. Coutinho)
  • 14:15-14:45 Tuning the interval Branch-and-Prune (iBP) algorithm for practical protein structure determination (B. Worley)
  • 14:45-15:15 Potentials of mean force: from hack to math (T. Hamelryck)

  • 15:15-15:30 Coffee break

  • 15:30-16:00 Principle of Proteins Ensemble determination (C. Camilloni)
  • 16:00-16:30 Modeling of structure and design of binding of peptide-protein interactions using Rosetta FlexPepDock (O. Furman)
  • 16:30-17:00 Peptide modeling in isolation and in interaction : a probabilistic framework (P. Tufféry)

Wednesday, October 25th

  • 09:30-10:00 Progress in Normal Modes refinement and generation of transition paths trajectories (M. Delarue)
  • 10:00-10:30 From a conformer to another: the case of large amplitude conformational changes (YH. Sanejouand)

  • 10:30-11:00 Coffee break

  • 11:00-11:30 Evolutionary guided structural modelling of protein complexes (R. Guerois)
  • 11:30-12:00 Bayesian modeling of biomolecular assemblies (M. Habeck)
  • 12:00-12:30 Exploring biomolecular association using advanced sampling methods (M . Zacharias)

  • 12:30-14:00 Lunch

  • 14:00-14:30 Very large virtual library screening for ligand discovery (J. Irwin)
  • 14:30-15:00 Mining ligand structural data from the PDB (H. Xhaard)
  • 15:00-15:30 Mining target structural data and their druggability (AC. Camproux)

  • 15:30-16:00 Coffee break

  • 16:00-16:30 Sequence and 3D structure mining in rare genetics diseases (O. Poch)
  • 16:30-17:00 Integrative modelling of transcriptional regulators (A. Dejaegere) (cancelled)

Location

The meeting will take place Amphitheater Turing, in the Sophie Germain building of University Paris Diderot. More information on the location and venue below.

Venue: Take metro line up to station "Bibliothèque François Mitterrand". Follow the "René Goscinny" exit. Turn left on Avenue de France. Place Aurélie Nemours is on the left at approximately 300m. The Sophie Germain building is the white building behind with colored shades.

Venue: Using RER instead of metro line , take RER up to station "Bibliothèque François Mitterrand". Follow the "Avenue de France" exit. Turn right on Avenue de France. Place Aurélie Nemours is on the left at approximately 200m. The Sophie Germain building is the white building behind with colored shades.

June 28th, 2017

IFB Bioinformatique Structurale: Workshop Web Viewers

Le WP Bioinformatique Structurale de l'IFB organise un mini workshop sur les viewers javascript le 28 juin, dans les locaux de la plate-forme RPBS, Paris. La participation est gratuite, mais l'inscription est obligatoire, le nombre de places étant limité. Les personnes qui souhaiteraient faire une présentation courte sur la thématique sont également invitées à prendre contact.
Contact: rpbs __at__ rpbs.univ-paris-diderot.fr.

Programme


  • 12:30-13:30 Déjeuner


  • 16:00 End of the workshop