Mol2
index
Mol2.tgz

Author: P. Tuffery 2008
 
mol2_set:
  A class to manage multipe mol2 files
mol2
  A class to manage simple mol2 data

 
Modules
       
sys
types

 
Classes
       
mol2
mol2_atom
mol2_bond
mol2_set

 
class mol2
        This is to manage one mol2 series of lines on the form:
@<TRIPOS>MOLECULE
CDK2.xray.inh1.1E9H
 34 37 0 0 0
SMALL
GASTEIGER
Energy = 0
 
@<TRIPOS>ATOM
      1 C1          5.4790   42.2880   49.5910 C.ar    1  <1>         0.0424
      2 C2          4.4740   42.6430   50.5070 C.ar    1  <1>         0.0447
@<TRIPOS>BOND
     1     1     2   ar
     2     1     6   ar
 
  Methods defined here:
__init__(self, data)
__repr__(self)
get_atom(self, id)
return the atom instance given its atom identifier
get_bonded_atoms(self, id)
return a dictionnary of atom instances bonded to the atom, and their types
out(self, f=<open file '<stdout>', mode 'w' at 0x7fbf5edc4198>)
parse(self, data)
Parse a series of text lines, 
and setup compound information
set_charge_type(self, charge_type=None)
bond identifier (integer, starting from 1)
set_donnor_acceptor_atoms(self, verbose=0)
modify atom types to specify donnor, acceptor, or both
set_mol_name(self, mol_name=None)
bond identifier (integer, starting from 1)
set_mol_type(self, mol_type=None)
bond identifier (integer, starting from 1)
set_num_atoms(self, num_atoms=None)
number of atoms (integer)
set_num_bonds(self, num_bonds=None)
number of bonds (integer)
set_num_feat(self, num_feat=None)
number of features (integer)
set_num_sets(self, num_sets=None)
number of sets (integer)
set_num_subst(self, num_subst=None)
number of substructures (integer)

 
class mol2_atom
    This is to manage mol2 atomic lines on the form:
  1 C1          5.4790   42.2880   49.5910 C.ar    1  <1>         0.0424
 
  Methods defined here:
__init__(self, data=None)
if data is passed, it will be installed
__repr__(self)
assemble the properties as a text line, and return it
parse(self, data)
split the text line into a series of properties
set_atom_id(self, atom_id=None)
atom identifier (integer, starting from 1)
set_atom_name(self, atom_name=None)
The name of the atom (string)
set_atom_type(self, atom_type=None)
The mol2 type of the atom
set_charge(self, charge=None)
atomic charge
set_crds(self, x=None, y=None, z=None)
the coordinates of the atom
set_status_bit(self, status_bit=None)
Never to use (in theory)
set_subst_id(self, subst_id=None)
substructure identifier
set_subst_name(self, subst_name=None)
substructure name

 
class mol2_bond
    This is to manage mol2 bond lines on the form:
 1     1     2   ar
 
  Methods defined here:
__init__(self, data=None)
if data is passed, it will be installed
__repr__(self)
parse(self, data)
split the text line into a series of properties
set_bond_id(self, bond_id=None)
bond identifier (integer, starting from 1)
set_bond_type(self, bond_type=None)
bond type (string) 
one of: 
1 = single
2 = double
3 = triple
am = amide
ar = aromatic
du = dummy
un = unknown
nc = not connected
set_origin_atom_id(self, origin_atom_id=None)
the origin atom identifier (integer)
set_status_bit(self, status_bit=None)
Never to use (in theory)
set_target_atom_id(self, target_atom_id=None)
the target atom identifier (integer)

 
class mol2_set
     Methods defined here:
__init__(self, data=None, subset=None)
A collection is organized as a dictionnary of compounds
self.num_compounds : the number of compounds
self.compounds     : the dictionnary of compounds
data  : the data to setup the set
subset: it is possible to specify a subset of the compounds to load, based on their mol_name identifiers.
parse(self, data, subset=None)
parse a list of lines, detect compounds, load them
only load the subset if specified.