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Prédiction structurale

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Evaluation des modèles

Petites Molécules

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Poches

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Utilitaires

Séquences Rechercher   A partir d'un mot clé >retour      PubMed  external ressource          Recherche dans pubmed

SRS  external ressource          Sequence Retrival System

SwissProt  external ressource          recherche dans SwissProt

A partir d'une séquence      AutomatP  available in p-server          Recherche de sequences homologues et alignement

AutomatN  available in p-server          Recherche de sequences homologues et alignement (acides nucleiques)

psiBlast  RPBS services - available in p-server          Lancer psi-blast sur votre séquence

Prosite  external ressource          Soumettre une séquence sur ProSite

ProDom  external ressource          Soumettre une séquence sur ProDom

PDB      PDBSeqres  available in p-server          Sequences de la PDB

Analyser   Composition >retour      MM-PI-Composition  external ressource          Quelques propriétés telles que Masse Moléculaire, pI, ...

Motifs      MotifScan  external ressource          Recherche de motifs dans une séquence

InterProScan  external ressource          Recherche de motifs dans une séquence

Hydropahie      HCA  available in p-server          Génère un graphe HCA, basé sur la méthode d'analyse des clusters d'hydrophobicité

Fonction      ProtFun  external ressource          Prédiction d'une fonction associée à une séquence

Liens utiles      Infobiogen  external ressource          Services dédiés à l'analyse des séquences à Infobiogen

Expasy  external ressource          Catalogue d'outils protéomiques à ExpPASy

Aligner   Alignement de séquences >retour      clustalw  RPBS services - available in p-server          Alignement multiple - limité aux séquences protéiques

tcoffee  RPBS services - available in p-server          Alignement multiple de séquences

Convertir   Conversion de séquences >retour      squizz  RPBS services - available in p-server          Interconversion de fichiers de séquences dans différents formats.

Structure Rechercher   Recherche dans la PDB >retour      PDBlite  external ressource          Cette recherche utilise le moteur de recherche PDBlite de la PDB

MSDlite  RPBS services - available in p-server          Requête simple dans la PDB

A partir d'une séquence      Blast  RPBS services - available in p-server          Recherche de séquences de structure PDB similaire à une séquence requête, par Blast.

SAM-t02  external ressource          Rechercher une structure à partir d'une méthode d'enfilage de séquence basé sur les chaînes de Markov cachées

3DPSSM  external ressource          Rechercher une structure à partir d'une méthode d'enfilage de séquence utilisant des profils

123D  external ressource          Méthode d'enfilage de séquence 123D

Parcourir une classification des structures protéiques      SCOP  external ressource          SCOP: Structural Classification of Proteins (supervisée)

CATH  external ressource          CATH: Protein Structure Classification (automatisée)

SARF-tree  external ressource          SARF: classification des structures (old)

ASTRAL  external ressource          ASTRAL

A partir d'une structure      Yakusa  available in p-server          Fast scan of protein structure databases

SA-search  available in p-server          Recherche de structures 3D similaire (basé sur un alphabet structural)

CE-all  external ressource          Recherche dans la PDB par la méthode CE une structure similaire à la votre

DALI-all  external ressource          Recherche dans la PDB par la méthode DALI une structure similaire à la votre

VAST  external ressource          Recherche dans la PDB par la méthode VAST une structure similaire à la votre

MATRAS-all  external ressource          Recherche dans la PDB par la méthode MATRAS une structure similaire à la votre

Utilitaires      PDBTM  RPBS services - available in p-server          transformation 3D

PDBPileUp  external ressource          generation multiPDB

PDBpart  external ressource          extraction d'un PDB

Edition   Diedres >retour      BasicBuilder  available in p-server

Substitutions  available in p-server          Sous service de SCit, un ensemble d'outils d'analyse et d'édition des chaînes latérales

HydrogenBuilder  available in p-server          Positionnement des hydrogenes

Superposer 2 structures   Avec alignement 3D specifié >retour      Superpose  available in p-server

Recherche automatique      CE  external ressource          Alignement de 2 structures avec CE

DALI  external ressource          Alignement de 2 structures avec DALI

K2  external ressource          Alignement de 2 structures avec K2

SARF  external ressource          Aligner 2 structures avec SARF

MATRAS  external ressource          Aligner 2 structures avec MATRAS

Analyse   Diedres >retour      phi-psi  available in p-server          Chaine peptidique

SCit  available in p-server          Anayse et edition des conformations des chaines laterales

Structure secondaire      stride  RPBS services - available in p-server          Identification de structures secondaires

p-sea  RPBS services - available in p-server          Identification de structures secondaires

extract-Turn  available in p-server          Identification des béta turns

HMMSA-Encoder  available in p-server          Détermination de la conformation locale de la chaine peptidique en termes d'alphabet structural déterminé par les chaines de Markov cachées

Liaisons hydrogenes      H-bonds  available in p-server

Surface accessible au solvant      ASA  available in p-server

VADAR  external ressource          VADAR : suite de programmes pour l'analyse des structures

Electrostatique      mead-pKa  available in p-server          Calcul le pKa d'une protéine

mead-pot  available in p-server          Calcule le potentiel électrostatique d'une proté, et retourne la visualisation du champ sur la surface moléculaire

Domaines structuraux      3Dee  external ressource

PDP  external ressource

Modélisation des structures protéiques Banques de modèles   Banques de modèles >retour      ModBase  external ressource          Base de modèles développée par A. Sali

SwissModel  external ressource          Base de modèles structuraux (modélisation comparative) à partir de UniProt

Prédiction structurale   Structure secondaire >retour      psi-Pred  RPBS services - available in p-server          Psi-Pred - Méthode de prédiction de structure secondaire

Jnet  RPBS services - available in p-server          Jnet - Méthode prédiction de structure secondaire protéique

PROF  external ressource          PROF - Prédiction de structure secondaire, université d'Aberystwyth, Pays de Galles

COUDES  external ressource          Prédiction de beta-turns dans la séquence

Structure locale      LocPred  external ressource          Prédiction de la conformation locale de la chaine peptidique en termes de blocs protéiques

Surface Accessible au solvant      PredAcc  available in p-server          Prédiction de l'accessibilité aux solvants

NetASA  RPBS services - available in p-server          Prédiction de l'accessibilité aux solvants utilisant un algorithme de réseaux neuronaux

RVP-net  external ressource

Ponts disulfures      CysState  available in p-server          Prediction de l'etat d'oxydation des cysteines

Cystein bonding and connnectivity  external ressource          Prédiction des ponts disulfures (connexité)

Construction automatique de modèles   Modélisation comparative >retour      CBSmetaserver  external ressource          Metaserveur de modélisation comparative

Geno3D  external ressource          Metaserveur de modelisation comparative

Modélisation ab initio      HMMStr  external ressource          Serveur HMMStr (Rosetta)

Evaluation des modèles   Services de validation des structures >retour      Eval123D  external ressource          Suite de validation des structures du CBS (Montpellier)

PROCHECK  external ressource

verify3D  external ressource          Analyse de la qualité de la structure cristallisée d'une protéine

Biotech validation suite  external ressource

Aqua  external ressource

Petites Molécules FAFDrugs   filter ADME-Tox >retour      ADMETox  available in p-server          filtrage adme-tox.

Collections de petits composés      Collections  available in p-server          Banques de petits composé

AmbInter  available in p-server          Ambinter 2008

Poches   Identification de Poches >retour      PASS  RPBS services - available in p-server          Identification des poches d'interaction possibles à partir d'une structure protéique.

Tests Criblage   Criblage virtuel >retour      TestSets  available in p-server          Jeux tests pour le criblage virtuel.

Utilitaires   partition octanol-eau >retour      LogP  RPBS services - available in p-server          Calcul du logP

Filtrage des Sels      DeSalt  RPBS services - available in p-server          Filtrage des Sels

Conversion de format      OpenBabel  RPBS services - available in p-server          Conversion de format

Editeur graphique      JME  RPBS services - available in p-server          Molecular Editor