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Structure
Modélisation des structures protéiques
Petites Molécules
 

plan des services du p-serveur

Accéder aux services :

Rechercher
Edition
Superposer 2 structures
Analyse
 


Cette section propose des services concernant la structure des protéines.

  • Rechercher : Ces services sont destinés à identifier une structure protéique, soit à partir de mots clé, soit à partir d'une séquence, soit en parcourant une classification des structures protéiques, soit à partir d'une structure (recherche de structures similaires).
  • Edition : Services pour générer ou modifier un fichier structural. Deux niveaux sont considérés: chaîne peptidique (en cours de construction) et chaînes latérales (édition des conformations, substitutions).
  • Superposition : Pour comparer des structures.
  • Analyse : Cet ensemble de services pour analyser les conformations, identifier les structures secondaires, calculer l'accessibilité au solvant, le potentiel électrostatique, définir les domaines structuraux.

Recherche dans la PDB
     MSDlite
     liens externes
A partir d'une séquence
     Blast
     liens externes
Parcourir une classification des structures protéiques
     liens externes
A partir d'une structure
     Yakusa
     SA-search
     liens externes
Utilitaires
     PDBTM
     liens externes

Diedres
     BasicBuilder
     Substitutions
     HydrogenBuilder

Avec alignement 3D specifié
     Superpose
Recherche automatique
     liens externes

Diedres
     phi-psi
     SCit
Structure secondaire
     stride
     p-sea
     extract-Turn
     HMMSA-Encoder
Liaisons hydrogenes
     H-bonds
Surface accessible au solvant
     ASA
     liens externes
Electrostatique
     mead-pKa
     mead-pot
Domaines structuraux
     liens externes