Nous pouvons cribler des banques de petites molécules et identifier des effecteurs potentiels de sites actifs ou de protéines cibles. Ce criblage virtuel est effectué pour une protéine donnée, en 3D, à partir des structures tridimensionnelles de la protéine et des petites molécules candidates. Ultérieurement, nous envisageons de pouvoir effectuer ce criblage même si la structure de la protéine cible n'est pas connue.

Le processus du criblage est comme suit:

1.  Nous disposons de banques in silico de petits composés chimiques, commerciaux. Ces petits composés ont été sélectionnés de façon à éliminer tout les composés ayant des caractéristiques non désirées, telles que la présence de certains groups fonctionnels toxiques… 
2. La structure tridimensionnelle de ces petites molécules, originellement décrites en 1D, a été générée. Pour chacune d'entre elle, nous disposons d'un grand nombre de conformères (jusqu'à 50). Ceci permet l'emploi de techniques d'arrimage (docking) en corps rigide dans un premier temps. Certaines de ces banques au format smile ou 3D (mol2) peuvent être téléchargées librement. ATTENTION: ces banques peuvent dépasser 500Mo!
3. Pour chacune des poches de la proténe susceptible d'interagir avec un effecteur, les petites molécules sont passés au crible.
4. Environ 1 million de composés peuvent être criblés par jour. L'arrimage proténe - petite molécule est in fine affiné avec la structure du composé flexible. Les composés sont triés avec différentes fonctions de score. Un tel processus prend au total de 1 à 2 mois sur l'ensemble des banques de petites molécules.
5. Un ensemble de 100 à 2000 effecteurs potentiels est sélectionné comme entrée possible aux techniques expérimentales.
   

Nous proposons ce type de projet en collaboration.
Pour plus d'information, contacter:bruno.villoutreix_at_univ-paris5.fr

Le filtrage ADME/Tox et les conversions 2D - 3D ont été effectués avec les programmes Filter and Omega (http://www.eyesopen.com)