Accueil   P-Serveur   Mobyle@RPBS   Services Spécifiques   Logiciels   Tutoriels   Autres serveurs    
Séquences
Structure
Modélisation des structures protéiques
Petites Molécules
 

plan des services du p-serveur

Accéder aux services :

Rechercher
Edition
Superposer 2 structures
Analyse
 



Rechercher


  Recherche dans la PDB

     PDBlite
         Cette recherche utilise le moteur de recherche PDBlite de la PDB

  A partir d'une séquence

     SAM-t02
         Rechercher une structure à partir d'une méthode d'enfilage de séquence basé sur les chaînes de Markov cachées

     3DPSSM
         Rechercher une structure à partir d'une méthode d'enfilage de séquence utilisant des profils

     123D
         Méthode d'enfilage de séquence 123D

  Parcourir une classification des structures protéiques

     SCOP
         SCOP: Structural Classification of Proteins (supervisée)

     CATH
         CATH: Protein Structure Classification (automatisée)

     SARF-tree
         SARF: classification des structures (old)

     ASTRAL
         ASTRAL

  A partir d'une structure

     CE-all
         Recherche dans la PDB par la méthode CE une structure similaire à la votre

     DALI-all
         Recherche dans la PDB par la méthode DALI une structure similaire à la votre

     VAST
         Recherche dans la PDB par la méthode VAST une structure similaire à la votre

     MATRAS-all
         Recherche dans la PDB par la méthode MATRAS une structure similaire à la votre

  Utilitaires

     PDBPileUp
         generation multiPDB

     PDBpart
         extraction d'un PDB

Superposer 2 structures


  Recherche automatique

     CE
         Alignement de 2 structures avec CE

     DALI
         Alignement de 2 structures avec DALI

     K2
         Alignement de 2 structures avec K2

     SARF
         Aligner 2 structures avec SARF

     MATRAS
         Aligner 2 structures avec MATRAS

Analyse


  Surface accessible au solvant

     VADAR
         VADAR : suite de programmes pour l'analyse des structures

  Domaines structuraux

     3Dee
        

     PDP
        
 

Recherche dans la PDB
     MSDlite
     liens externes
A partir d'une séquence
     Blast
     liens externes
Parcourir une classification des structures protéiques
     liens externes
A partir d'une structure
     Yakusa
     SA-search
     liens externes
Utilitaires
     PDBTM
     liens externes

Diedres
     BasicBuilder
     Substitutions
     HydrogenBuilder

Avec alignement 3D specifié
     Superpose
Recherche automatique
     liens externes

Diedres
     phi-psi
     SCit
Structure secondaire
     stride
     p-sea
     extract-Turn
     HMMSA-Encoder
Liaisons hydrogenes
     H-bonds
Surface accessible au solvant
     ASA
     liens externes
Electrostatique
     mead-pKa
     mead-pot
Domaines structuraux
     liens externes